12 августа – день Военно-воздушных сил России - отмечают и в авиационной службе ФТС России, личный состав которой в своем большинстве сформирован из числа бывших военных летчиков. В течение 10 лет шло ее становление, и в 2002 году с изданием постановления Правительства № 87 «Об авиации Государственного таможенного комитета Российской Федерации» это  подразделение приступило к исполнению поставленных перед ним задач в полном объеме. Фактически данный нормативный документ закрепил юридическое создание авиации в ГТК России. В этом же году была создана Авиационная служба.
В настоящее время авиация ФТС России имеет в своем составе 13 вертолётов, из них 11 вертолётов типа Ми-8 и 2 вертолёта Ка-32, которые используются в 7 региональных таможенных управлениях.
В настоящее время в авиационной и морской службе ФТС России работают ветераны, прошедшие славный боевой путь в Военно-воздушных силах и стоявшие у истоков формирования авиации ФТС России.
          С 1999 года возглавляет авиационную и морскую службу ФТС России полковник таможенной службы Макаров Геннадий Иннокентьевич.
          Он прошел боевой путь от курсанта Сызранского высшего военного авиационного училища летчиков до заместителя начальника боевой подготовки армейской авиации. В январе – августе 1998 года участвовал в миссии ООН, проходил службу в Камбодже и Анголе. Заслуженный военный летчик Российской Федерации. Награжден орденом Красной звезды.