В 1955 году постановлением Правительства СССР в Ленинграде на базе Партшколы Политуправления ГВФ и Курсов усовершенствования высшего и старшего начальствующего состава (КУНС) ГВФ было основано Высшее авиационное училище ГВФ (ВАУ ГВФ).

На рубеже 50-х — 60-х годов в ВАУ были организованы научно-исследовательский и редакционно-издательский отделы, вышли первые сборники научных трудов ВАУ ГВФ, открыта аспирантура, начато строительство и развитие учебно-материальной базы на территории Авиагородка.

1971 год отмечен сразу тремя значительными событиями награждением ВАУ высшей правительственной наградой того времени — орденом Ленина, реорганизацией училища в Академию гражданской авиации и переездом с Литейного проспекта в новые корпуса Авиагородка. 70-е годы в истории Университета характерны интенсивным строительством и развитием учебно-лабораторной и жилой базы. Открывались новые факультеты, специальности и специализации подготовки.

В 2004 году Академия гражданской авиации прошла государственную аккредитацию и получила новый статус — Санкт-Петербургский университет гражданской авиации (Приказ Министерства образования и науки РФ от 01. 12 2004 г., № 461).

Хотя с началом перестройки, перехода на рыночные рельсы у Университета гражданской авиации, как и у других бюджетных организаций, были определённые сложности, руководство, коллектив (который удалось сохранить) с честью вышли из этих трудностей: сегодня Санкт-Петербургский университет гражданской авиации прочно стоит на ногах и уверенно смотрит в будущее.

Подтверждением этому стало награждение Университета гражданской авиации престижной международной наградой «Факел Бирмингама», которым награждаются предприятия, учреждения и организации за успешное выживание в период экономического кризиса. Коллектив гордится тем, что среди всех вузов России Университет гражданской авиации первый удостоен этой престижной награды.

За полувековой период своей деятельности ВАУ — Академия ГА — Санкт-Петербургский университет гражданской авиации подготовил для гражданской авиации около 25 тысяч руководителей и специалистов высшей квалификации, внёсших существенный вклад в развитие отрасли. Выпускники Университета гражданской авиации трудятся на высших и старших должностях в региональных управлениях, объединениях, авиапредприятиях и компаниях, летают командирами и штурманами современных лайнеров, управляют воздушным движением, руководят представительствами авиакомпаний за рубежом, представляют гражданскую авиацию в ИКАО.